Untuk menjelaskan devinisi pesantren pluralis, tidak ada salahnya didevinisikan terlebih dahulu satu persatu dari kedua kata tersebut. Banyak sekali terminologi tentang pesantren, di antaranya adalah yang memandang bahwa pesantren atau istilah lain pondok pesantren yaitu lembaga pendidikan Islam yang di dalamnya terdapat seorang kyai (pendidik), yang mengajar dan mendidik para santri (peserta didik), dengan sarana masjid yang digunakan untuk menyelenggarakan pendidikan tersebut, serta didukung adanya pemondokan atau asrama sebagai tempat tinggal para santri. Dan Di sini tidak berarti bahwa pesantren hanya memiliki pendidikan yang husus mempelajari agama, namun juga tidak menutup kemungkinan diselenggarakannya pendidikan formal dari tingkat yang paling bawah yaitu Taman Kanak-Kanak (TK) sampai Perguruan Tinggi (PT) yang masih dalam naungan payung pesantren tersebut.
Sedangkan Pluralisme berasal dari kata plural yang berarti jamak. M. Dawam Raharjo berpandangan bahwa pluralisme yaitu suatu paham mengenai pluralitas (pluralism is an ism about plurality). Sedangkan pluralisme sendiri berarti keadaan masyarakat yang terdirir dari berbagai macam perbedaan; mayarakat yang majemuk. Dalam Wikipedia dan ensiklopedia Indonesia, kata pluralisme berasal dari bahasa inggris pluralism. In the social seciences, pluralism is a framework of interaction in which groups show sufficient respect and tolerance of each other, that they fruitfully coexist and interact whitout conflict or assimilation. Artinya: Suatu kerangka interaksi yang mana setiap kelompok menampilkan rasa hormat dan toleran satu sama lain, berinteraksi tanpa konflik atau asimilasi (pembauran/pembiasan). Dan adanya kemajemukan di sini lebih pada adanya keragaman dan berbedaan yang bersifat agama. Termasuk dalam hal ini adanya semangat dan nilai-nilai yang melekat atau terbawa oleh pluralisme itu sendiri. Seperti adanya beberapa sifat yang menuju kepada pluralisme seperti keterbukaan, toleransi, inklusifitas, partisipatif, demokratis, dan hal-hal yang mendorong adanya pluralisme.
Dari devinisi tersebut maka, dapat diambil benang merah pengertian bahwa pesantren pluralis adalah sebuah model pesantren -yang merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam-dengan segala unsur-unsurnya yang dapat berdiri dan hidup di tengah perbedaan-perbedaan masyarakat khususnya perbedaan agama dengan adanya interaksi penuh damai, toleransi, saling menghormati tanpa terjadi permusuhan dan konflik. Sehingga seorang santri tidak lagi mengenggap bahwa orang yang memeluk agama yang lain darinya adalah musuh akidah, namun mereka memungkinkan juga ada kebenaran seperti kebenaran yang diyakininya. Jadi yang dimaksudkan dengan pesantren pluralis di sini, di khususkan pada kajian sistem pendidikan yang berjalan. Di antaranya bagaimana bentuk kurikulumnya, pengajaran teologinya, pola-pola penafsiran teks terkait dengan orang di luar agamanya, bagaimana mensikapi mereka, dan yang lain yang masih masuk dalam koridor sistem pendidikan yang ada pada sebuah pesantren.
